Estimado "CPU usage: 4.37% used of 2,793.03 MHz" ....4% de procesador?? leo bien. la parte de hard, los ml110 traen memoria ECC, deverias correr un memtest para ver si estan ok y no estas gastando ciclos en recuperar errores de mem, lo mismo con los hdd. la velocidad de cpu y memorias viene armado de fabrica y no se pueden tocar desde el bios, a menos que le metieras mano al server.MySQL no deveria morfarce eses procesador, revisa los logs que nadie este usando tu server desde afuera y demases. SDS y postea mas data